อัตราภาษีศุลกากรของประเทศมาเลเซียนั้นมีพันธะกับองค์กรการค้าโลกร้อยละ 80 ของรายการทั้งหมด โดยมีอัตราภาษีผูกพัน (Bound rate) ร้อยละ 16.5 สำหรับสินค้านอกภาคเกษตร หากจะพิจารณาอัตราภาษีที่เรียกเก็บโดยเฉลี่ย (Simple Average applied MFN Tariff Rates) แล้วพบว่าอัตราภาษีศุลกากรของโลหะพื้นฐานและผลิตภัณฑ์ (Basic Metal and Products) เครื่องจักร (Machinery) และอุปกรณ์การขนส่ง (Transportation Equipment) มีการเก็บภาษีศุลกากรประมาณร้อยละ 20, 5 และ 20 ตามลำดับ ซึ่งนับว่าสูงมากพอสมควร อีกทั้งการเก็บภาษีของผลิตภัณฑ์กลางน้ำ (Semi-processed) ของโลหะพื้นฐานสูงถึงร้อยละ 20 เช่นกัน นับว่ามาเลเซียยังมีการปกป้องอุตสาหกรรมภายในด้วยอัตราภาษีอยู่